Diversité génétique et mutations du SRAS-CoV-2 : implications sur la pathogénicité et les moyens diagnostiques et thérapeutiques du virus
Dr Ferdaous YANGUI

Depuis la fin de 2019, un nouveau coronavirus « Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) » se propage à travers le monde. Depuis cette date, le nombre de cas infectés a considérablement augmenté dans le monde.
La transmission interhumaine du virus a été confirmée avec un taux de reproduction (R0) élevé du SARS-CoV-2 expliquant l’augmentation rapide du nombre de cas. Par ailleurs, l’incidence et le taux de létalité des cas d’infection par le virus COVID-19 sembles être disproportionnés entre les pays du monde. En effet, l’incidence et le taux de létalité les plus élevés ont été constatés en Amérique du Nord et en Europe. En plus, la majorité des personnes infectées par le SRAS-CoV-2 restent asymptomatiques et l'infection est spontanément résolutive. Cependant, environ 2% des personnes infectées souffrent d'une forme sévère de COVID-19.
Bien qu'il n'y ait pas d'explication catégorique à ces caractéristiques, la constitution génétique et la stabilité génomique du SARS-CoV-2 sont des déterminants clés qui contribuent à sa virulence et à sa pathogenèse. Par conséquent, la compréhension de ces caractéristiques est cruciale pour prédire la future dynamique de transmission de l'infection par le SARS-CoV-2, la protection immunitaire contre la réinfection et le développement d'antiviraux et de vaccins.

Interventions potentielles pour les infections au SRAS-CoV-2 : le Zinc est prometteur J Med Virol (Preprint) , Publié le 17 septembre 2020.
Joseph Brewer et al. 

Dans les premières semaines de la pandémie de COVID-19, Zang et Yunhui ont discuté dans le Journal of Medical Virology de diverses approches de traitement en tant qu'interventions potentielles contre le virus, y compris le zinc (Zn).
Au cours des six mois qui ont suivi cette publication, des informations sont apparues selon lesquelles le Zn pourrait être important pour la protection naturelle contre la gravité du SRAS-CoV-2, ainsi qu’un outil efficace de traitement.
Le zinc élémentaire intracellulaire (Zn) inhibe divers virus à ARN, y compris les coronavirus.
Une étude portant sur des patients hospitalisés atteints de COVID-19 a analysé le Zn en tant que traitement d'appoint à l'association HCQ-azithromycine (AZ )16. La dose de HCQ était de 400 mg le premier jour, puis de 200 mg deux fois par jour pendant 5 jours.
Le Zn utilisé était du sulfate de zinc, 220 mg (50 mg de Zn élémentaire) po BID, également pendant 5 jours. Ils ont constaté une augmentation de la fréquence de retour à domicile (OR 1,5, IC à 95% 1,12-2,09, p <0,008) et une réduction de la mortalité ou du transfert à l'hospice (OR 0,449, IC à 95% 0,271-0,744, p <0,002) chez ces patients (non-ICU) qui ont reçu un supplément de Zn par rapport à ceux qui n'ont pas reçu de Zn.
Le zinc, en particulier en association avec un ionophore (tel que le HCQ), doit être envisagé pour les essais contrôlés randomisés (ECR) chez les patients atteints de COVID-19

Covid-19: De nombreuses personnes ont-elles une immunité préexistante?     
BMJ 2020;370:m3563
Par Peter Doshi. Publié le 17 Septembre 2020

Il semblait être une vérité universellement reconnue que la population humaine n'avait pas d'immunité préexistante contre le SRAS-CoV-2, mais est-ce vraiment le cas?
Un courant d'études qui a documenté les cellules T réactives au SRAS-CoV-2 chez des personnes non exposées au virus soulève des questions sur la nouveauté réelle du virus pandémique, avec de nombreuses implication.
Au moins six études ont rapporté une réactivité des lymphocytes T contre le SRAS-CoV-2 chez 20% à 50% des personnes sans exposition connue au virus. Dans une étude sur des échantillons de sang de donneurs obtenus aux États-Unis entre 2015 et 2018, 50% présentaient diverses formes de réactivité des lymphocytes T au SRAS-CoV-2. Une étude similaire utilisant des échantillons provenant des Pays-Bas a rapporté une réactivité des cellules T chez deux personnes sur 10 qui n'avaient pas été exposées au virus. En Allemagne, des cellules T réactives ont été détectées chez un tiers des donneurs sains séronégatifs du SRAS-CoV-2 (23 sur 68). A Singapour, une équipe a analysé des spécimens prélevés sur des personnes sans contact ni antécédents personnels de SRAS ou de covid-19; 12 des 26 échantillons prélevés avant juillet 2019 ont montré une réactivité au SRAS-CoV-2, tout comme sept sur 11 provenant de personnes séronégatives contre le virus. La réactivité a également été découverte au Royaume-Uni et en Suède.
L’hypothèse, était qu'il s'agissait de coronavirus du « rhume commun », car ils sont étroitement liés», a déclaré Daniela Weiskopf, auteur principal d'un article dans Science a confirmé cette hypothèse : il s'agit d'une véritable mémoire immunitaire et qu'elle est en partie dérivée des virus du rhume, également confirmée par des chercheurs de Singapour, parvenus à des conclusions similaires sur le rôle des coronavirus du rhume communs, mais probablement aussi de coronavirus inconnus, même d'origine animale.

Tests rapides de coronavirus: ce qu'ils peuvent et ne peuvent pas faire  
Nature, Publié en ligne le 16 septembre 2020.
Giorgia Guglielmi.     

Les tests d'antigène détectent des protéines spécifiques  à la surface du virus et peuvent identifier les personnes qui sont au pic de l'infection, lorsque les taux de virus dans le corps sont susceptibles d'être élevés, ils sont beaucoup plus rapides et moins chers que les tests de référence qui détectent l'ARN viral en utilisant une technique appelée réaction en chaîne par polymérase (PCR).
Mais les tests antigéniques ne sont pas aussi sensibles que les versions PCR, qui peuvent capter des quantités minuscules du virus SARS-CoV-2 à l'origine du COVID-19.

Les tests d'antigène donnent des résultats en moins de 30 minutes, n'ont pas besoin d'être traités dans un laboratoire et sont peu coûteux à produire, sauf que si une personne a de faibles quantités de virus dans son corps, le test peut donner un résultat faussement négatif qui peut leur induire un faux sentiment de sécurité.

Ressources Bibliographiques

COVIDORG : L'annuaire des documents pratiques Covid-19 pour les professionnels
ASM : American Society of Microbiology..
BMJ : The British Medical Journal.
Cambridge Univesity Press.
CDC : Centers for Disease Control and Prevention.
Cell Press.
JAMA.
Lancet.

The New England Journal of Médicine.
Oxford University Press.
PLOS.
Springer Nature.
Taylor & Francis.
Web of Science.
WHO : The World Health Organization.
Wiley.